A antiga Estação Ferroviária Belém foi aberta em 1867, com a linha da São Paulo Railway (SPR). Ficava no então Bairro de Villa Belém de Jundiaí e próxima às fazendas Belém e Cachoeira, compradas pelo Barão de Mauá, as quais justificaram sua construção, na fazenda Borda do Mato.
A estação era, como outras da linha, um barracão com alpendre, que, possivelmente entre os anos de 1880 ou 1890 foi derrubado para a construção de uma Estação maior. As citadas fazendas foram vendidas à SPR que as loteou através de uma subsidiária, a Cia. Fazenda Belém.
Em 1954, o nome da estação foi alterado para Francisco Morato, que se tornou município em 1965. Em 1981, o prédio antigo foi demolido e substituído por um moderno, no mesmo local do antigo, em 1982, com uma nova passarela.
Os trens regulares têm seu ponto inicial nessa Estação, seguindo daí até a Estação Luz. Também dessa Estação, saem trens com menos horários diários para Jundiaí.
